"Re:coded" traz novamente Sora como protagonista. Dessa vez, a missão do garoto é investigar "bugs" que assolam os mundos trazidos à realidade através dos diários do Grilo Falante. Conforme progride na história, o jogador descobre que há outros problemas associados a essa desordem e é preciso visitar vários ambientes para colocar as coisas no lugar.