O jogo conta a história de um grupo de resgate chamado S.O.R.T, que tem de ir a uma ilha misteriosa chamada Ibis Island (Ilha Ibis). O cientista Edward Kirk é uma autoridade mundial em pesquisas energéticas e, aparentemente, o tal cientista morreu há alguns anos atrás. Na verdade, ele está vivo e não é só isso: ele está trabalhando em um grupo de pesquisa secreto numa ilha isolada, o governo quando descobre isso resolve mandar um grupo para capturar Edward Kirk e o trazer de volta a seu pais de origem. O jogo nunca chega a revelar qual pais é este que quer capturar Edward, mas tudo leva a crer que seja o governo dos E.U.A , já que todos falam inglês e tem nomes muito comums nos Estados Unidos.

O cientista desenvolveu uma fonte de energia que seria totalmente limpa chamada de Third Energy (algo como terceira energia). Então o governo manda o tal grupo S.O.R.T. nessa tal ilha misteriosa, eles chegam lá pulando de pára-quedas de um helicóptero, um dos integrantes do grupo chamado COOPER morre logo no começo quando é engolido por um T-Rex os outros três chegam inteiros na ilha mais quando eles chegam lá eles descobrem que o lugar esta cheio de criaturas muito parecidas com os dinossauros que se vem nos livros escolares, e que quase todos os humanos que habitavam aquela ilha foram mortos por estes dinossauros.

No meio do jogo o grupo encontra o doutor EDWARD KIRK, ele lhes revela que a THIRD ENERGY e capaz de transportar objetos e pessoas de um lugar para o outro e que razão para aqueles dinossauros estarem ali é porque dependendo da quantidade de energia empregada é possível até mesmo viajar no tempo ou trazer outros tipos de coisas do passado ou do futuro usando a THIRD ENERGY, o jogo nunca deixa claro se KIRK é o responsável por aqueles dinossauros estarem ali ou se isto foi um acidente durante a pesquisa que estava sendo conduzida na ilha IBIS.

A trama é bem interessante, mas tem muita similaridade com Resident Evil, porem não é a toa o criador e idealizador desse projeto é Shinji Mikami o mesmo de RESIDENT EVIL, MIKAMI já chegou a produzir clássicos importantes da história do video game como o ótimo Onimusha.